ილიას სახელმწიფო უნივერსიტეტის ბოტანიკის ინსტიტუტი მდებარეობს თბილისში, საქართველოს ეროვნული ბოტანიკური ბაღის ტერიტორიაზე. ბოტანიკის ინსტიტუტი დაარსდა 1933 წ., ამავე ბაღის (მაშინ თბილისის ბოტანიკური ბაღი) ჰერბარიუმისა და რამოდენიმე კვლევითი განყოფილების გაერთიანების საფუძველზე და შევიდა სსრკ მეცნიერებათა აკადემიის საქართველოს განყოფილების დაქვემდებარებაში. ილიას სახელმწიფო უნივერსიტეტის შემადგენლობაში ბოტანიკის ინსტიტუტი 2006 წლიდან, ანუ უნივერსიტეტის დაარსებისთანავე, შედის. დაარსებიდან დღემდე ბოტანიკის ინსტიტუტი წამყვან როლს ასრულებს საქართველოს ფლორისა და მცენარეულობის კვლევასა და ინვენტარიზაციაში. 1938 წელს დაიწყო ბოტანიკის ინსტიტუტის სამეცნიერო ბიულეტენის გამოცემა სახელწოდებით „ტფილისის ბოტანიკური ინსტიტუტის მცენარეთა სისტემატიკის და გეოგრაფიის ნარკვევები“. ბოტანიკის ინსტიტუტის დღევანდელი მნიშვნელოვანი კვლევითი პროგრამებია საქართველოს ეროვნული ჰერბარიუმი, საქართველოს ფლორის ახალი, შევსებული და გადამუშავებული გამოცემა და ეთნობოტანიკური კვლევები საქართველოსა და კავკასიაში. რეგიონული მნიშვნელობის პროექტებიდან აღსანიშნავია თბილისის შემოგარენის ფლორის კვლევა.